KMLファイルはXMLなので、テキストエディタで加工できます。明石海峡の上にイトカワを浮かせたのも、エディタで開いて、それらしいところに適当に緯度経度を埋め込んでみたらああなった、というだけなので、「こうやればいいです」と教えられるようなものでは全然ありません。なお、元のデータはZIP圧縮されています。KMLのほかに「イトカワ」の3Dデータも入っています。
検索してみると、KMLをテキストエディタで作る方法がありました。もちろんGoogleEarthのユーザーガイドにも載っているようです。
でも本気で作るなら、Google SketchUpなどを使うことになるのかな。まだ使ってみてはいないのですが。