問題の箇所はリンク先にあるのでご覧ください。
Mixiは釈明していますが、明らかに日記などユーザが投稿した「コンテンツ」の二次利用が目的だったと思います。釈明にあるような、システム管理上どうしても発生するデータ操作に伴う著作権上の問題ならば、たとえば「システムの都合上、データの格納形式の変更やサーバ間のコピーなどが発生します」というような表現に、最初から自然になるものだと思います。また、著作者人格権についての記述は、Mixiの釈明では説明がつきません*1。
松浦さんは「日本を代表するSNSの会社が、ずいぶんと稚拙なことをやってしまった」と言われていますが、そのあたりの感覚は、企業側としては鈍くなりがちではないかと思います。SNSではありませんが、2社ほど、鈍そうな会社を知っています。どちらも、大多数の現場の人間はわかっているのですが、キーパーソンが暴走したら危ない。
ただ、Mixiはすぐに釈明しました。世間の反応に敏感であったのは救いかもしれません。周囲に何を言われようが軌道修正できない組織というものも世の中にはあるようですから。
*1 これはMixi内のある日記のコメントで指摘されていたことです。